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照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴…
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小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐藏在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启庆典。 就这样，小智和伙伴们踏上了…
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小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，…
